Najwyższym Organem Narodowego Konkursu Ekologicznego „Przyjaźni Środowisku” jest Narodowa Rada Ekologiczna obecnie pod przewodnictwem Antoniego Szlagora – Burmistrza Żywca, a wcześniej małżonki Prezydenta RP Anny Komorowskiej, a także Przewodniczącego Parlamentu Europejskiego Jerzego Buzka.
NRE ocenia wnioski konkursowe, wybiera Nominatów (podmioty przechodzące do kolejnego etapu), a następnie Laureatów i Wyróżnionych. Przyznaje także przedłużenia prawa do posługiwania się znakiem i tytułem przez kolejny rok.
W skład NRE wchodzą przedstawiciele: Parlamentu RP, Głównego i Wojewódzkich Inspektoratów Ochrony Środowiska, Narodowego i Wojewódzkich Funduszy Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej, uczelni akademickich oraz organizacji branżowych.
Nad całością obrad i działalności czuwa Zarząd Narodowej Rady Ekologicznej, zaś za poszczególne kategorie konkursowe – odpowiednie Kapituły.